個人診療所の場合

個人診療所の場合、事業用資産の譲渡と営業権の発生、の2つに大別されます。

事業用資産については、帳簿価額に近い金額での取引となるため、基本的には課税関係が発生することは稀であります。
他方、営業権については、受け取った金額が課税対象となります。
他の所得と合算させて、所得税の税率が決定されます。

そこで、課税所得が大きくならないように、譲渡時期をずらすことも検討しなくてはなりません。
但し、所得税法の基本は「発生主義」を採択していますので、資金の出入りのみをずらしても意味を成しません。
時間をかけて、戦略的にスキームを立案する必要があります。

医療法人の場合

医療法人の譲渡の場合は、基本的には「出資金」の譲渡として処理されます（持ち分ありの医療法人の場合）。

出資金の譲渡では、額面金額を超えた部分に対して所得税が課税されます。
配当が禁止されている医療法人の場合、内部留保（利益の蓄積額）が潤沢であるため、出資金の評価額が額面金額の何倍にもなっているケースが多々あります。

出資金の評価額が高い状態で譲渡を行うということは、譲渡価額が高額になることを意味するため、税金面以外にも、買い手の資金調達力が乏しければ契約が成立しにくくなる、という事態も起こり得ます。

この場合、役員退職慰労金を支給するなどの手法により、一時的に費用を多く計上することによって、反射的に出資金の評価額を下げるなどの対策を講じる必要があります。
退職金として受給する場合、一定の条件を満たせば、所得税法上、有利な規定となっておりますので、給与として受給するよりも少ない納税額で済ますことができます。

なお、役員退職慰労金の算定に当たっては、一応の目安として、

の算式が用いられます。

功績倍率は、類似業種の倍率や過去の判例、裁決事例を参考に、個別に設定していきます。
また、最終月額報酬については、上記の算式を狙って、やみくもに増額するのではなく、法人の資金繰り等を考慮しながら計画的に支給しなければなりません。